Die Sammlungen verteilen sich auf zwei Gebäude der ehemaligen kurmainzischen Amtskellerei, den sogenannten Steinernen Bau (1493) und das Trunzerhaus. Aus Anlass des 100-jährigen Bestehens des Museums wurde im Jahr 2011 eine Neupräsentation der Bestände vorgenommen. Im Zentrum stehen dabei die unterschiedlichen Lebensbedingungen an der Scheidelinie zwischen Odenwald und Bauland. Im Steinernen Bau werden die naturräumlichen Voraussetzungen und frühe Siedlungsformen aufgezeigt, außerdem sind Exponate zur bäuerlichen und bürgerlichen Wohnkultur zusammen mit Textilien ausgestellt. Im Obergeschoss befindet sich eine Gemälde- und Grafiksammlung mit Werken der Hollerbacher Malerkolonie. Im Trunzerhaus zeigt die Ausstellung die Bestände zur Stadtgeschichte sowie das Atelier des ersten Buchener Fotografen Karl Weiß (1876-1956). Eine Besonderheit ist die Gedenkstätte zu Leben und Werk des im Trunzerhaus aufgewachsenen Komponisten Joseph Martin Kraus (1756-1792) mit der Musiksammlung Vleugels.