Im 2004 eröffneten Universitätsmuseum werden neben der Tradition und der Geschichte der Albert-Ludwigs-Universität auch die Forschungsarbeit und Lehre von den Anfängen im 15. Jahrhundert bis heute beleuchtet. Der Rundgang entlang chronologisch geordneter Themengruppen präsentiert die erste Blütezeit der Universität im Humanismus, das vom Jesuitenorden geprägte 17. Jahrhundert, die Modernisierung der Universität im Zuge der Aufklärung unter Maria Theresia und Joseph II. sowie die Expansion im deutschen Kaiserreich mit der Ausdifferenzierung von Fächern und den ersten weiblichen Studierenden. Wichtige Themen im 20. Jahrhundert sind der Nationalsozialismus mit dem Rektorat Heideggers, die neuen Fächer, die von der Universität Vertriebenen, die Opponenten, die Zwangsarbeit sowie die Kriegsauswirkungen und die Zeit danach mit den studentischen Protesten der 68er bis zu den Umstrukturierungen der Universität 1970.