Das Bodensee-Naturmuseum zeigt als "Fenster" zum See dessen einzigartige Landschaft. Die Entstehung des Bodensees und seine vielfältigen Lebensräume bilden anhand der ausgestellten Tiere und informativen Modelle das Kernstück der Ausstellung. Vieles ist zum Mitmachen und Anfassen konzipiert wie die Streicheltiere Wildschwein und Dachs, das Quakophon zum Anhören von Froschrufen oder die Mikroskope, mittels derer die kleinsten Bewohner des Bodensees zu entdecken sind. Darüber hinaus erfahren die Besucher*innen Wissenswertes über die Eiszeiten am Bodensee und in einer Ausstellung zur Gewässerökologie. Im Außengelände ist auf einer Fläche von 2.500 Quadratmetern die Ausstellung "Steine im Fluss" zu sehen, die zum Kreislauf der Gesteine informiert und zugleich als Spielgelände für Kinder konzipiert ist.